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Fue construida en el altiplano que desciende gradualmente hacía el antiguo extramuros de Kaptol. En este lugar se menciona del siglo XIII la capilla del mismo nombre, es decir, una iglesia de la que solamente se sabe que que pertenecía a los cistercienses, cuales junto a ella tenían un monasterio y los baños en su tierra propia cerca del Potok (hoy la calle Tkalčićeva). A principios del siglo XVI la orden del Císter se extinguió, y la Iglesia de Santa María se convirtió en iglesia parroquial. En la ilustración más antigua conservada de Zagreb (siglo XVI) la iglesia se encuentra junto al muro oeste de Kaptol y en relación a Catedral, es de tamaño menudo. Una pequeña iglesia gótica, con la torre en el lado este, a mediados del siglo XVIII fue ampliada gradualmente en una construcción de tres naves, junto a la cual fue construido un campanario al lado norte. Las escaleras y la entrada oeste de la iglesia fueron construidas los fines del siglo XVIII, pero en general se utiliza la entrada este más pequeña con el portal barroco. El altar mayor de mármol, con las estatuas de San Pedro, San Pablo y los ángeles, data de 1768, y el fresco de detrás, del santuario, fue pintado por los artistas eslovenos, Franc, el padre, y su hijo Krištof Jelovšek. Sobre cuatro altares en las naves (1772-1773), junto a las estatuas de santos, había retablos del pintor esloveno Anton Cebej, de los cuales quedó solamente el cuadro “La Adoración de los Santos Reyes Magos“. Las estatuas en todos los altares y el relieve en el púlpito son obras de Franjo Rottman, escultor y maestro esloveno. El púlpito está decorado con un relieve grande que representa la predicación de San Juan Bautista. La iglesia no fue dañada en el terremoto grande de 1880, así que sirvió para celebrar misas mientras se reparaba la gravemente dañada Catedral. Hoy en día, la Iglesia de Santa María está rodeada de edificios modernos, construidos después de la renovación de Dolac en 1925, cuando se demolió el monasterio cisterciense.