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Die Kirche mit dem gleichnamigen Kloster ist auf der nordwestlichen Seite des Kaptolplatzes untergebracht, an der Stelle, wo der Platz immer enger und schließlich zu einer Strße wird, die dann nach Norden führt. Die Kirche monumentaler Dimensionen wurde im 13.Jh.erbaut, aber es ist durchaus möglich, dass die Franziskaner schon früher an dieser Stelle ihre Residenz hatten. Die gotische Struktur des Kircheninneren der Einschiffshallenkirche großer Dimensionen, mit langem Chor und verlängertem Sanktuarium änderte sich nicht wesentlich und wird im räumlichen Sinne für einen der reifsten Franziskanersakralbauten des mitteleuropäischen Kreises gehalten. Das Gewölbe ist kreuzförmig und rippig.

Die Kapelle des St. Franziskus is mit bemalten Kartuschen geschmückt, die das Leben der Heiligen darstellen wie auch plastisch dargestellte pflanzliche Motive und Engel. Der Frühbarockzyklus der Stuckdekoration mit Beimischung des Manirismus enstand um 1683. Das Kloster und die Kirche wurden nach den Erdbeben 1880 gründlich erneuert, als man danach bestrebt war, den ursprünglichen gotischen Charakter des Baus zu erreichen. Damals bekam die Kirche einen neuen hohen Glockenturm mit Spitzendach.

Während der Erneuerung wurde von der Kaptoler Seite der Kirche die offene Kapelle des and Kreuz geschalgenen Jesus errichtet. Auf der südlichen Seite des Klosters, zwischen Kaptol und Opatovina, begann 1936 der Bau des sog. Franziskanersaales heute das Theater Komödie. In der Kirche befand sich auf dem neogotischen Hauptaltar das Bild des St.Franziskus, ein Werk des Malers Celestin Medović. Apsidale Glasmalereien, von Blümchenmotiven des St.Franziskus inspiriert, sind ein Werk vom Maler Ivo Dulčić aus 1960.