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Construite sur le plateau qui descend par terrasses vers ce qui était jadis la banlieu de Kaptol. L'existence d'une chappelle du même nom à cet endroit est mentionnée depuis le 13e siècle, ou plus précisemment d'une église appartenant aux cistercites qui possédaient un couvent et un établissement de bains tout près de Potok (aujourd’hui la rue Tkalčićeva). Au début du 16e siècle, l’ordre des cistercites s’est éteint et l’église de Sainte-Marie était devenue l'église paroissiale. Sur le plus ancien dessin sauvegardée représentant la ville de Zagreb (16e siècle), l’église se trouve du côté ouest des murs de Kaptol.  Elle est de miniscules dimensions par rapport à la cathédrale. La petite église gothique avec sa tour du côté est fut élargie au milieu du 18e siècle et devient une construction à trois nefs avec le clocher ajouté du côté nord. L’entrée occidentale de l’église avec des escaliers est ajoutée à la fin du 18e siècle bien qu'on se serve surtout de la petite entrée au portail baroque du côté est. Le maître-autel en marbre avec des statues de St Pierre et St Paul et des anges était monté en 1768 et la fresque derrière lui, dans le sanctuaire, a été peinte par les maîtres slovènes, le père et le fils Franc et Krištof Jelovšek. Sur les autels des quatre nefs (1772 – 1773), à côté des statues des saints en marbre, se trouvaient des tableaux d’autel du peintre slovène Anton Cebej. Un seul est resté, "L’ adoration des mages".  Les statues de tous les autels et le relief de la chaire sont des œuvres du sculpteur et constructeur Franjo Rottman de Ljubljana. La chaire est ornée d’un grand relief représentant les sermons de Jean le Baptiste. L’église n’a pas été endommagée pendant le tremblement de terre en 1880, et on l'utilisait pour les messess au lieu de la cathédrale qui a subi de graves endommagements. Aujourd’hui l’église de Sainte-Marie est entourée d’édifices modernes élevés à la suite de l’aménagement du marché vert de Dolac en 1925 qui a coïncidé avec la démolition du couvent des cistercites.