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Zuerst eine Klosterkirche und seit dem 16.Jh. eine Pfarrkirche. Die Kirche wurde auf einem Plateau errichtet, das sich terrassenförmig zum ehemaligen Kaptol Unterbau hinablässt. An dieser Stelle wird seit dem 13.Jh. die gleichnamige Kapelle erwähnt bzw.die Kirche, für die man nur zuverlässig weiß, dass sie den Zisterziensern angehörte, die daneben ein Kloster hatten und eine Badeanstalt auf eigenem Eigentumsgelände in der Nähe des Baches (der heutigen Tkalčić Straße). Am Anfang des 16.Jh. erlosch der Zisterzienserorden, und die Kirche der heiligen Maria wurde die Pfarrkirche. Auf der ältesten erhaltenen bildlichen Darstellung Zagrebs (16.Jh.) wurde die Kirche neben der westlichen Kaptolmauer gemalt und ist ziemlich klein in Bezug auf den Dom. Die kleine gotische Kirche mit dem Turm auf der östlichen Seite wurde Mitte des 18.Jh. allmählich erweitert in einen Dreischiffsbau, an dessen nördlicher Seite der Glockenturm gebaut wurde. Der westliche Kircheneingang wurde Ende des 18.Jh. ausgeführt, man benutzt aber überwiegend den kleineren Eingang mit Barockportal auf der östlichen Seite. Der Hauptaltar aus Mramor mit den Statuen der heiligen Peter und Paulus mit Engeln wurde 1768 aufgestellt, und die Freske hinter ihm wurde von slowenischen Malern Franz und Krištof Jelovšek gemalt (Vater und Sohn). Auf vier Altaren mit Schiffen (1772-1773) befanden sich neben den Mramorstatuen der Heiligen die Altarbilder des slowenischen Malers Anton Cebej, von denen nur eines blieb - die Huldigung der Drei Heiligen Könige. Die Statuen auf allen Altaren und Relief auf der Kanzel sind Werke des slowenishen Bildhauers und Baumeisters aus Ljubljana Franjo Rotmann. Die Kanzel ist mit großem Relief geschmückt, das das Predigen des heiligen Johannes Täufer darstellt. Die Kirche wurde im großen Erdbeben 1880 nicht beschädigt und in ihr wurden Messen abgehalten, statt in der schwer beschädigten Kathedrale, solange sie erneuert wurde. Heute ist die Marienkirche von modernen nach der Dolac Einrichtung (1925) gebauten Gebäuden umgeben. Bei dieser Gelegenheit wurde das Zisterzienserkloster niedergerissen.