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In questo luogo, dal Duecento viene menzionata la cappella dello stesso nome, ovvero la chiesa della quale si sa soltanto che apparteneva ai cistercensi, che avevano un monastero e una piscina sulla propria terra vicino Ruscello (oggi via Tkalčićeva). All'inizio del Seicento, l'ordine cistercense si è spento e la chiesa di Santa Maria è diventata una parrocchia. Sull'illustrazione più antica conservata di Zagabria (Cinquecento) la chiesa è disegnata vicino alle mura di Kaptol ed è delle dimensioni minori rispetto alla cattedrale. Una piccola chiesa gotica con una torre sul lato est è stata ampliata in una struttura romanica, alla metà del Settecento, vicino alla quale è stato costruito un campanile. L'ingresso occidentale della chiesa con la scalinata è stato costruito  verso la fine dell'Settecento, ma generalmente si usa l'ingresso più piccolo con un portale barocco sul lato est. L'altare in marmo con le statue dei santi Pietro e Paolo e gli angeli è stato finito nel 1768 e l'affresco dietro l'altare, nel santuario, è stato dipinto dai pittori sloveni, il padre Franc e il figlio Christopher Jelovšek. Su quattro altari nelle navate laterali (1772-1773) con statue dei santi in marmo, c'erano dei dipinti del pittore sloveno Anton Cebej, di cui è rimasto solo uno, l'Adorazione dei Re Magi.  Le statue su tutti gli altari e le opere sul pulpito sono state realizzate dallo scultore e architetto di Lubiana, Francesco Rottman. Il pulpito è decorato dalla grande visualizzazione della predicazione di San Giovanni Battista. La chiesa non è stata distrutta nel terremoto del 1880 ed è stata usata per le messe al posto della cattedrale gravemente danneggiata, durante i lavori di riparazione. Oggi, la chiesa di Santa Maria è circondata dagli edifici moderni, costruiti dopo la ristrutturazione di Dolac nel 1925, durante il quale è stato distrutto anche il monastero cistercense.